馬偕醫學院護理學系系學會是代表全體系上同學的學生組織，每年經由全系投票選舉，由勝選的二年級學生所組成，主要負責舉辦系上大型活動來幫助新生更能融入大學生活，增進師生情誼、為護理學系學生爭取權益等等，同時代表學系加入「台灣護理學生學術聯合交流協會」，協助系上同學參與外校活動：大護年會學術競賽、大護盃之球類競賽等活動，扮演著與系上師長、學校及外校護理學系系學會之間的重要溝通橋樑。